Источником для романа послужил рассказ Полибия, античного историка II века до н.э. С., дочь карфагенского военачальника Гамилькара, и ливиец Маю, предводитель восставших воинов, — личности исторические. Флобер соединил их в любовной коллизии, желая слить воедино политику и психологию, историю и мистику. «Ребенок и варвар (первобытный человек) не отличают действительного от фантастического», — писал Флобер, и эта мысль была для него ключевой в изображении Саламбо. Дочерью Гамилькара владеет странное томление, непонятное ей самой, нисколько не связанное с реальной опасностью, грозящей родному Карфагену.
Она служит богине Танит и тревожат ее не наемники, что осаждают город, а болезнь священного питона, олицетворения могучей богини, с которой она ощущает мистическую связь. С. томится ожиданием любви, переходящим в религиозную экзальтацию. Желания ее приобретают мистический характер: она стремится проникнуть в тайны мировой жизни и видит во сне, как звезды катятся у нее под ногами. К своему наставнику жрецу-евнуху Ша-габариму, посвятившему себя Танит, С. испытывает ненависть, смешанную со страхом, и вместе с тем что-то похожее на любовь.
Все чувства Саламбо сосредоточены на заимфе — священном покрывале Танит, главной святыне Карфагена, перед которой она трепещет и которую обожает. Ливиец-наемник Мато предстает перед С. в виде бога войны Молоха, влечение к нему она воспринимает как власть божества над нею. Мато похищает заимф, завернувшись в него, он становится в глазах С. «звез
Гамилькар счастлив возвращением заимфа, однако, взглянув на разорванную цепочку на ногах дочери, понимает, какой ценой получена святыня, и тут же обручает дочь с нумидийским царем Нар-Гавасом, давно влюбленным в красавицу-жрицу. С. уговаривает Нар-Гаваса убить Мато, обещая в награду свою любовь. Нар-Гавас заманивает Мато в ловушку и берет в плен. Во время свадебного пира появляется истерзанный пытками Мато и умирает на глазах у С., а вслед за ним смерть настигает С. «Так умерла дочь Гамилькара за то, что коснулась покрывала Танит», — фраза, завершающая роман. Метафоры в современной жизни, считал Флобер, — реальность для первобытных людей. С. на самом деле не может жить без Мато, хотя и не понимает этого. Прозу романа сравнивали с массивными бронзовыми барельефами, запечатлевшими неистовые страсти, жестокость и дикую волю людей, исчезнувших в глубине веков.
По мотивам романа было написано шесть опер, в том числе композитором Рейером (1890), и один балет. М.П.Мусоргский три года работал над этим сюжетом, закончил либретто, куда включил стихи русских поэтов, написал музыкальные номера, но замысел остался незавершенным. Музыка «Саламбо» была использована композитором в опере «Борис Годунов».