Темы любви, труда, революции органично связаны в романе, герои которого исповедуют «разумный эгоизм», стимулирующий нравственное развитие личности: «О, сколько наслаждений развитому человеку! Даже то, что другой чувствует как жертву, горе, он чувствует как удовлетворение себе, как наслаждение, а для радостей так открыто его сердце, и как много их у него!». На высшей ступени этой лестницы развития стоит «особенный человек» Рахметов, сын богатого помещика, ушедший в революцию, «ригорист», живущий только интересами «дела». В ссылке на «натуру», разную у «обыкновенных порядочных» и «особенных» людей, сказался антропологизм Ч. Реалистический принцип типизации последовательнее выдержан в Рахметове, суровое мужество которого продиктовано условиями революционной борьбы нач. 60 гг. Призыв к светлому и прекрасному будущему, исторический оптимизм Ч., мажорный финал сочетаются в романе с осознанием трагической судьбы его «новых людей»: «…еще немного лет, быть может и не лет, а месяцев, и станут их проклинать, и они будут согнаны со сцены, ошиканные, страмимые»
Публикация романа вызвала целую бурю в критике. На фоне многочисленных обвинений Чернышевского в безнравственности, отсутствии художественности и пр., остроумно высмеянных в сатирических стихах В. С. Курочкина в «Искре» («Молодая жена! Ты «Что делать?» взяла?»; «Нет, положительно, роман «Что делать?» нехорош!», 1863), выделяется серьезностью разбора статья Н. Н. Страхова «Счастливые люди». (Библиотека для чтений. – 1865.- № 4). Признав жизненную основу и «напряжение вдохновения» автора, «органический» критик оспорил рационализм и оптимизм «новых людей»
Прообразом будущего выступают и личные отношения «новых людей», разрешающих конфликты на основе гуманной теории «расчета выгод» (новая мораль оттенена традиционностью сюжетного мотива любовного треугольника: Вера Павловна – Лопухов – Кирсанов), и их трудовая деятельность (организация швейных мастерских, учеба Веры Павловны на врача и др.). Эти подробно освещенные сферы жизни «новых людей» соотнесены с потаенным, «эзоповым» сюжетом, главным героем которого выступает профессиональный революционер Рахметов. Но он не одинок: упоминается о «восьми образцах этой породы», несомненно участие в нелегальной борьбе Лопухова – Бьюмонта после его ухода «со сцены», мужа «дамы в трауре» и др.
В «Прологе» (предназначавшемся для публикации за рубежом) политическая тема непосредственно отражена в сюжете, в особенности в первой части («Пролог пролога»), где воссоздана на широкой прототипической основе борьба демократов с либералами и консерваторами в связи с начатой в Петербурге предреформенной кампанией (действие происходит в 1857 г.). Вождем демократов выступает журналист Волги», в котором узнаются многие черты самого Ч. Незаконченность второй части («Из дневника Левицкого за 1857 год»), посвященной в основном жизни Левицкого (его прототип – Добролюбов) в деревне. не позволяет в полном объеме судить о деятельности этого героя, революционная направленность которой подчеркнута тщательной конспирацией. В изображении «новых людей» Ч. отходит от принципа группового портрета, используемого в «Что делать?» (характеристики Л
К «Что делать?» тематически близки написанные в крепости повесть «Алферьев», роман «Повести в повести», цикл «Мелкие рассказы». Здесь также противопоставлены «новые» и старые люди и утверждается странная в глазах обывателя – не своекорыстная и свободная от лицемерных условностей – новая мораль. Однако решение образа автора здесь иное: он скрыт за системой рассказчиков. Стремление к «объективным» способам изображения характерно и для последующих произведений («История одной девушки», «Отблески сияния», пьесы и др.), включая «Пролог. Роман из начала шестидесятых годов».
Исключительное место в русской литературе занимает «Что делать?» по силе воздействия на общественную жизнь: под его влиянием устраивались мастерские, коммуны, в частности «коммуна» В. А. Слепцова. Герои и в особенности Рахметов повлияли на формирование характера многих деятелей освободительного движения. Роман стимулировал нравственные и художественные искания русских писателей: как последователей Ч. («Степан Рулев» Н. Ф. Бажин?), «Андрей Кожухов» С. М. Степняка-Кравчинского, «На жизнь и смерть» В. В. Верви-Флеровского и др.), так и оспаривающих его взгляды, концепцию личности («Записки из подполья», «Преступление и наказание» Достоевского, «Некуда» Н. С. Лескова, «Живой труп» Л. Толстого и др.).
В юмористическом ключе изображены в романе либералы – «прогрессисты» (Рязанцев и его почитатели), в гротескно-сатирическом – правительственные чиновники – деятели реформы (Савелов, Чаплин). Их беспринципность проявляется не только в политике, но и в личных отношениях (история Савеловой). Своеобразной параллелью к трудностям политического руководства массами выступает в романе, тема помощи отдельной личности. В ошибочных первоначальных прогнозах Волгина относительно Савеловой. Левицкого относительно Анюты, Настеньки, в его тщетной попытке воздействовать на Мерк ощутима автополемика с «Что делать?» (история Настеньки Крюковой и др.). Однако автополемические мотивы «Пролога» не следствие пересмотра концепции личности и теории «расчета выгод»; рассуждая, извлекая уроки из заблуждений, главные герои проходят школу самовоспитания, учатся быть руководителями. Факты повседневности осмысляются как симптомы тенденций, которые нужно учитывать в политике (случай с Чекаловым). В целом «Пролог» свидетельствует о развитии революционной мысли Чернышевского в пореформенный период.