Борис Годунов — центральный персонаж исторической драмы («народной трагедии»), в основу которой положены события, описанные в 10-м и 11-м томах «Истории государства Российского» Н. М. Карамзина. Его «драгоценной для россиян памяти» посвящена трагедия. Не приемля многого во взглядах Карамзина, Пушкин полностью принимает версию о прямой причастности царского шурина Бориса Годунова к совершенному в Угличе убийству единственного наследника престола царевича Димитрия (1582— 1591). Б. Г. предстает узурпатором власти, прикрывшимся всенародным избранием; смута — расплата за его грехи. Б. Г. и Лжедимитрий связаны в трагедии как причина и следствие; «незаконностью» первого порождена «беззаконность» второго; кровь притягивается кровью.
Уже в первой сцене («Кремлевские палаты»), предшествующей избранию Б. Г., боярин Шуйский, который расследовал угличское убийство, рассказывает вельможе Воротынскому о вине Борис Годунов; собеседник заключает: Борис Годунов потому уж месяц сидит затворясь у сестры, монашествующей царицы Ирины, что « кровь невинного младенца/ Ему ступить мешает на престол». Однако оба сходятся на том, что «вчерашний раб, татарин, зять Малюты и сам в душе палач», куда менее родовитый, нежели они, все-таки будет царем на Москве: наступили времена, когда смелость стала важнее знатности и власть достается тому, кто решительнее за нее борется.
Третья («Девичье поле. Ново девичий монастырь») и четвертая («Кремлевские палаты») сцены вроде бы подтверждают боярский «приговор». Любопытный и равнодушный к своей политической участи народ, плача и радуясь, по указке бояр возводит Б. Г. на трон. Бояре и патриарх благоговейно (и отчасти лукаво) слушают речь нового государя. Характер Борис Годунов не раскрыт; все это лишь экспозиция, раскрывающая завязку глобального исторического сюжета (убийство царевича — моральное поражение «победителя» в борьбе за царский трон — явление самозванца). Собственно сценическая интрига завяжется позже — в сцене «Палаты патриарха», когда читатель (зритель) узнает О бегстве инока-самозванца Григория Отрепьева из монастыря.
Начиная с седьмой сцены («Царские палаты»)Борис Годунов выходит на первый план. Царь, от которого только что вышел колдун (что указывает на неуверенность правителя в своих силах), произносит исповедальный монолог: он царствует шестой год (столько же прошло между гибелью Димитрия и воцарением Борис Годунов; хронологическая симметрия показательна); правление оказалось неудачным — голод, пожары, «неблагодарность» черни. Жених любимой дочери мертв; одной смелости для обладания властью мало; право на нее должно быть подкреплено внутренней правотой: « И мальчики кровавые в глазах Да, жалок тот, в ком совесть нечиста». Почва уходит из-под ног Борис Годунов — он это чувствует, хотя ничего еще не знает о «воскресении» Димитрия (патриарх не решился известить государя о бегстве Григория).
Весть настигает Борис Годунов в десятой сцене («Царские палаты»); ее спешит сообщить хитрый
Шуйский, с которым накануне московский боярин Пушкин поделился вестью, полученной от краковского племянника Гаврилы Пушкина.
Сцена пятнадцатая («Царская дума») служит кульминацией «годуновской» линии сюжета. Войска Лжедимитрия движутся на Москву; отправив Трубецкого и Басманова на войну,Борис Годунов держит совет с приближенными — как остановить смуту? Патриарх, которого Пушкин изображает глуповатым добряком (вопреки историческому прототипу, Иову), не подозревая о подоплеке событий, предлагает моральный выход из создавшихся обстоятельств: перенести чудотворные мощи царевича Димитрия из Углича в Архангельский собор столицы. Обман «безбожного злодея» обнаружится; смута прекратится. Но в том и дело, что перенести мощи и оказаться в непосредственной «мистической близости» от своей жертвы Борис Годунов не может. А значит — он обречен в борьбе с Самозванцем, которого породил.
Борис Годунов монументально-однообразен и неподвижен; он словно оцепенел от ужаса своего положения, пресытился горечью власти, и из сцены в сцену, из монолога в монолог варьирует один и тот же набор тем.
Пушкин резко расходится с жанровой традицией русской политической трагедии: он ставит в центр не антигосударственного злодея (ср. «Димитрия Самозванца» А. П. Сумарокова) и не государственного героя. Но именно злодея — государственного. Это было невозможно до выхода в свет 9—11-го томов «Истории...» Карамзина, где официальные правители Руси, Иван Грозный и Борис Годунов, впервые были изображены негативно. Борис Годунов в изображении Пушкина из фигуры злобно-величественной превращается в фигуру полукомическую. Он «жалок» — ибо в нем «совесть нечиста». Он более не властитель — ибо зависит от обстоятельств.
В двадцатой сцене («Москва. Царские палаты») Борис Годунов умирает. Царство Бориса Годунова. кровью началось, кровью продолжилось, кровью и завершается: «На троне он сидел и вдруг упал — / Кровь хлынула из уст и из ушей». Последняя надежда умирающего и готовящегося принять схиму Бориса Годунова. — на то, что хотя бы его смерть восстановит политическое равновесие. Он лично повинен в смерти Димитрия — и за то ответит перед Богом; но избрание само по себе было законным, следовательно, невинный наследник престола Феодор станет править «по праву». Ту же мысль в финале повторит «человек из народа» («Отец был злодей, а детки невинны»); но тщетно: дети одного «лжецаря», Феодор и Ксения, будут убиты слугами другого «лжеправителя».