После крестьянской реформы 1861 года, когда в российских деревнях начались волнения, вызванные грабительским характером реформы, получила хождение прокламация “К барским крестьянам”. Ее авторство власти решили приписать Чернышевскому. Однако не так-то просто было расправиться со знаменитым литературным критиком, статьи которого пропускались царской цензурой и широко печатались в “Современнике” и “Отечественных записках”. Всем было известно о его революционных симпатиях, о близости с Герценом и другими крупными революционерами, однако эта сторона деятельности Чернышевского была тщательно законспирирована. На виду была лишь его литературная деятельность. С поразительной и дерзновенной ловкостью Чернышевский умел высказываться в своих статьях “между строк”. Когда в печатавшихся в “Современнике” статьях о Гарибальди и в комментариях к итальянским событиям он со странным упорством чуть ли не в каждой фразе повторял: “в Италии”, “я говорю об Италии”, даже самый бестолковый читатель в конце концов начинал понимать, что речь шла о России и о текущих политических событиях. Тем не менее формально придраться было не к чему.
7 июля 1862 года власти, опасавшиеся открытого восстания, арестовали Чернышевского и бросили его в Петропавловскую крепость. Формальным поводом послужило письмо Герцена, в котором говорилось о том, что он вместе с Чернышевским собирается печатать “Колокол” за границей, поскольку в России журнал был запрещен. Однако этого было мало, необходимо было предъявить Чернышевскому более веское обвинение. Но в чем? И власти пошли на прямой подлог. Отставной уланский корнет В. К. Костомаров, разжалованный в рядовые за тайное печатание “возмутительных изданий”, человек с психическими отклонениями и бездарный поэт-графоман, чтобы избежать наказания, согласился сотрудничать с III отделением.
Подделав почерк Чернышевского, Костомаров написал записку, будто бы от Чернышевского, с просьбой изменить одно слово в прокламации. Кроме того, Костомаров сфабриковал еще письмо, в котором якобы содержались неопровержимые доказательства прямого участия Чернышевского в революционной деятельности. На основании этих фальшивых улик в начале 1864 года Сенат вынес Чернышевскому приговор — четырнадцать лет каторги и вечное поселение в Сибири. Александр II утвердил приговор, сократив срок пребывания на каторге до семи лет, однако фактически Чернышевский провел в заключении более восемнадцати лет.
При аресте Чернышевского были конфискованы все его записи, в том числе дневник. Самые “опасные” заметки были зашифрованы (довольно примитивным способом), но в целом дневниковые записи
В советском литературоведении было принято утверждать, что царская цензура просто-напросто “проглядела” революционный характер произведения и поэтому допустила его к печати. Но есть и иная точка зрения: цензоры прекрасно видели, что все в этом якобы “любовном” романе шито белыми нитками, однако, принимая во внимание полное отсутствие каких-либо художественных достоинств рукописи (об этом на первых страницах заявляет и сам автор), они надеялись, что прославленный публицист и революционер скомпрометирует себя в глазах просвещенной общественности столь бездарной поделкой. Но вышло все наоборот! И дело тут не в литературных дарованиях автора, а в том, что он своей книгой сумел задеть за живое не одно поколение молодых людей, которые смеялись над рассуждениями о Прекрасном и самой безупречной форме предпочитали “полезное” содержание. Они презирали “бесполезное” искусство, зато преклонялись перед точными науками и естествознанием, они отшатывались от религии, но с религиозным пылом отстаивали веру в человека, точнее, в “новых людей”, то есть в себя самих. Сын священника и поклонник Фейербаха, Чернышевский, этот мученик за веру в светлое будущее человечества, открыл дорогу тем, кто подменил религию Богочеловека религией Человекобога...
Так случилось, что предсмертный бред Чернышевского записал его секретарь. Последние слова писателя удивительным образом перекликаются с фразой, сказанной несколько десятилетий спустя Зигмундом Фрейдом по поводу своей научной деятельности: “В этой книге Бога нет”. Чернышевский на смертном одре упоминал о каком-то сочинении (кто знает, быть может, о своем романе?): “Странное дело: в этой книге ни разу не упоминается о Боге”.