Литературная деятельность Чернышевского в “Современнике” на первых порах почти всецело была посвящена критике и истории литературы. В течение 1855 – 57 гг. появился ряд обширных историко-критических статей его, в ряду которых особенно выдающееся место занимают знаменитые “Очерки Гоголевского периода”, “Лессинг” и статьи о Пушкине и Гоголе. Кроме того, он в эти же годы со свойственной ему изумительнейшей работоспособностью и необыкновенной писательской энергией дал журналу ряд меньшего объема критических статей о Писемском, Толстом, Щедрине, Бенедиктове, Щербине, Огареве и др., многие десятки обстоятельных рецензий и вдобавок еще вел ежемесячные “Заметки о журналах”. В конце 1857 г. и начале 1858 г. вся эта литературная производительность направляется в другую сторону. За исключением данной (1858) для поддержки возникавшего симпатичного журнала “Атеней” статьи о Тургеневской “Асе” (“Русский человек на rendez-vous”), Чернышевский теперь почти оставляет область критики и весь отдается политической экономии, вопросам внешней и внутренней политики и отчасти выработке философского миросозерцания. Этот поворот был вызван двумя обстоятельствами. В 1858 г. наступил весьма критический момент в подготовке освобождения крестьян. Доброе желание правительства освободить крестьян не ослабело, но, под влиянием сильных связями своими реакционных элементов высшей правительственной аристократии, реформа подвергалась опасности быть значительно искаженной. Надо было отстаивать проведение ее на возможно-широких началах. Вместе с тем надо было защищать один очень дорогой Чернышевскому принцип — общинное землевладение, которое ему, с его фурьеристским идеалом совместной хозяйственной деятельности человечества, было особенно близко.
Подготовка коренных переворотов в русской общественной жизни и назревание коренного перелома в общественно-политическом миросозерцании большинства передовой части интеллигенции тоже отвлекали по преимуществу публицистический темперамент Чернышевского от литературной критики.
Когда было проведено освобождение крестьян сверху в 1861 году, Чернышевский издал в тайной типографии прокламацию “Барским крестьянам от их доброжелателей поклон”, в которой крестьяне призывались к сговору между собой для восстания. Большая часть общества — студенты, писатели, офицеры, ученые, захваченные духом революционной ситуации, сложившейся тогда в России — находились под влиянием Чернышевского. В связи с этим царское правительство учредило за ним надзор, собирая против него обличающие факты и доносы агентов. Целый год в обществе ходили слухи об его аресте. Третье отделение характеризовало его как человека, известного своими коммунистическими убеждениями.
1858 – 62 годы являются в жизни Чернышевского эпохой усиленных занятий над переводом или, вернее, переделкой Миллевской политической экономии, снабженной обширными “Примечаниями”, а также над длинным рядом политико-экономических и политических статей.
Как ни интенсивна была эта поразительно плодовитая деятельность, Чернышевский все-таки не оставил бы такой важной отрасли журнального влияния, как литературная критика, если бы в нем не создалась уверенность, что нашелся человек, которому он спокойно может передать критический отдел журнала. К концу 1857 г. если не для всей читающей публики, то лично для Чернышевского обрисовалось во всю свою величину первостепенное дарование Добролюбова, и он, не колеблясь, передал критический жезл первенствующего журнала двадцатилетнему юноше. Уже благодаря одной этой проницательности, деятельность Добролюбова становится славной стран
К началу 60-х годов соотношение русских партий и единодушие прогрессивного движения значительно видоизменяются. С освобождением крестьян и подготовкой большей части “великих реформ” освободительное движение и в глазах правящих сфер, и в сознании значительной части умеренных элементов общества получило законченность; дальнейшее следование по пути перемен государственного и общественного строя начинало казаться ненужным и опасным. Но настроение, во главе которого стоял Чернышевский, не считало себя удовлетворенным и все порывистее стремилось вперед.
В конце 1861 и начале 1862 г. общая картина политического положения резко изменилась. Разразились студенческие беспорядки в петербургском университете, усилилось польское брожение, появились призывающие молодежь и крестьян к бунту прокламации, произошли страшные петербургские пожары, в которых, без малейшего основания, но очень упорно видели связь с нарождением в молодежи революционных настроений. Добродушное отношение к крайним элементам совершенно исчезло. В мае 1862 г. “Современник” был закрыт на 8 месяцев, а 12 июня 1862 года Чернышевский был арестован и заключен в Петропавловскую крепость. Почти два года он провел в Алексеевском равелине Петропавловской крепости.
Сначала ему не могли предъявить никаких обвинений. Затем были сфабрикованы фальшивые обвинения, появились фальшивые свидетели и предъявлены обвинения за высказанные в статьях в “Современнике” идеи. Несмотря на несостоятельность обвинения (по царским законам нельзя было судить автора за статьи, пропущенные цензурой) сенат вынес строжайший приговор: лишение всех прав и состояния, четырнадцать лет каторги и вечное поселение в Сибири. Царь сократил срок каторги до семи лет. 19 мая 1864 года над Чернышевским был совершен обряд “гражданской казни”, и на другой день его увезли на каторжные работы. Решение это вызвало ошеломление в обществе. И в Петропавловской одиночке, и на допросах следственной комиссии, и в сенате Чернышевский держался мужественно, твердо, с великим достоинством, и когда ему перед гражданской казнью публично прочитали приговор, “преступник стоял надменно, обращая взгляды на публику”.
Когда истек срок пребывания Чернышевского на каторге, его, вместо того, чтобы определить на поселение, продержали в каторжной тюрьме полтора года, а потом повезли к полюсу холода, в Вилюйск, где его посадили в острог и содержали по специально разработанной инструкции.
Где бы ни был Чернышевский, в каких бы тяжелых условиях он не находился, он продолжал делать свое дело. В Петропавловской крепости им был написан роман “Что делать?”, что делать для появления нового будущего. Его герои были носителями идей автора. Как ни странно, самые светлые его страницы были написаны в дни голодовки, объявленной Чернышевским в знак протеста против действия властей. Роман “Что делать?” Чернышевский посвятил своей жене Ольге Сократовне.