По-видимому, разрыв между новым фараоном, его новаторским искусством и культом нового бога Йота, с одной стороны, и фиванским жречеством и древними традициями — с другой, с течением времени углублялся. На шестом году своего правления Амен-хотп IV переносит свою резиденцию в новую, только что построенную им столицу Ай-Йот (в пер. «Небосклон солнца») [3, c.5-7], к северу от Фив, на восточном берегу Нила, где ничто не напоминало новому фараону ни бога Амуна, ни его «богатого и надменного жречества» [1, c.31]. Здесь все было пронизано культом нового бога — Йота. Именно со времени переноса столицы в Ай-йот (приблизительно 1348 до н. э.) не только имена старых богов, но сами слова «боги», «бог» перестали появляться на солнцепоклоннических памятниках, а подчас даже истреблялись в прежних надписях. Фивы пришли в запустение, в сокровищницу Амуна перестали поступать какие-либо доходы.
Благодаря тому, что Амен-хотп IV строил свою столицу на чистом месте, сейчас довольно легко восстановить схему размещения строений в Эль-Амарне. Так, важные здания в Ай-йот располагались по обе стороны Королевского Пути (Royal Road). Самое большое из строений – грандиозный храм Йота, основное святилище которого находилось полностью под открытым небом. Недалеко от Большого Храма (Great Temple) Йота был дворец и просторная резиденция королевского семейства [9, Amarna]. Также стоит отметить «южный дворец», изглаженные надписи в котором помогли ученым узнать о существовании Кэйе, побочной жены Амен-хотпа IV.
Большинство зданий в Эль – Амарна строились из ничем не скрепленных обтесанных камней, поверхность которых (стены, полы и т. п.) была украшена изображениями в живом натуралистическом стиле; практически в каждом большом строении были изображения сцен из жизни семейства Эх-не-йота.
В Ай-йот вокруг фараона появилась и окончательно утвердилась новая бюрократия и новое жречество, жречество бога Йота. Замечу, что новаторство Амен-хотпа IV проявилось и в самой структуре служения: если раньше хранителем и распространителем вероучения выступало жречество, то в период правления Эх-не-йота фараон сам стал всеобщим в
Строгое «единобожие», заменившее древний политеизм, было установлено в стране фактически по воле царя, в силу его авторитета и реальной власти. Даже на окраине страны, в отдаленнейших храмовых угодьях, следовали столичным мероприятиям. Но, так как резкое изменение религии было подготовлено больше субъективными, нежели объективными факторами, не имело под собой реальной поддержки населения, то естественно, что после смерти Амен-хотпаIV на 17-ом году правления культ Йота быстро предается забвению, сам Эх-не-йот объявляется «мятежником», позиции прежних богов (и прежде всего Амуна) восстанавливаются. Юный Тут-анх-йот (в пер. «Подобен (т. е. таков, как надлежит) жизнью Йот»), начав управлять в Ай-йот, внезапно переносит столицу обратно в Фивы, фактически отказывается от Йота, приняв имя Тут-анх-амун, а затем умирает «загадочной смертью» в возрасте около 18-ти лет. В так называемой «реставрационной» надписи Тут-анх-амуна сказано, что в результате правления Эх-не-йота страна была в полном упадке, что от нее отвернулись боги, ибо храмы богов и богинь, начиная от Элефантины и вплоть до топей Дельты, преданы были забвению [1, c.31]. Ай-йот, город Амен-хотпа IV, постигла участь не лучшая, чем того, кто его воздвигнул. Хоремхеб, бывший союзник фараона-«еретика», проклинает память бывшего властителя и разоряет Ай-йот, разрушая и гробницу Эх-не-йота. Позднее каменные блоки из храмов когда-то блиставшей великолепием солнечной столицы Рамсес II будет использовать для строительства в Гермополисе.