Шеллинг родился 27 января 1775 года в вюртембергском городке Леонберге. При крещении его нарекли Фридрихом Вильгельмом Йозефом. Его отец Этингер Шеллинг, магистр Богословия и знаток древних языков, впоследствии занял руководящий пост в протестантской церкви Вюртемберга. Сына он воспитывал в духе пиетизма - лютеранского обновленчества.
В шесть лет Фридрих пошел в начальную школу, в восемь приступил к изучению древних языков. Еще через два года его отдали в латинскую школу в Нюртенгене. Осенью 1786 года учитель заявил, что мальчик знает всю школьную программу. Фридриха вернули домой и отдали в монастырское училище. В пятнадцать лет, то есть на три года раньше, чем допускалось законом, Шеллинг благодаря ходатайству отца был принят в Тюбингенский теологический университет. В студенческие годы он подружился с Гегелем и поэтом Гельдерлином. Их сближение началось на почве политического свободомыслия. Французская революция достигла своего апогея и волновала умы тюбингенских студентов. Шеллинг перевел с французского "Марсельезу" и стал, как и Гегель, членом политического клуба, в котором горячо обсуждались революционные идеи.
В 1795 году Шеллинг оканчивает университет. Ему предстояло разделить участь всех классиков немецкого идеализма - побывать в роли домашнего учителя в период между академическим обучением и академическим преподаванием.
В 1797 году на молодого Шеллинга как на проводника идей своего "Наукоучения" обратил внимание Фихте, который уже разрабатывал новую систему, философию природы. Тогда же появилась работа Шеллинга "Идеи к философии природы", а еще через год вышло получившее горячее одобрение Гёте исследование "О мировой душе. Гипотеза высшей физики для объяснения всеобщего организма".
При содействии Фихте и Гёте Шеллинг получает в 1798 году должность экстраординарного профессора в Иене. Здесь, на рубеже двух веков, так или иначе перекрещивались пути таких людей, как Шиллер, Гёте, братья Август и Фридрих Шлегели, Новалис, Тик, Фихте, Гегель. Общение и дружеские связи с ними способствовали тому, что иенский период, длившийся с 1798 по 1803 год, сделался самым важным и наиболее плодотворным для молодого мыслителя.
Шеллинг познакомился с женой поэта-романтика Фридриха Шлегеля и вскоре сблизился с ней. Каролина чувствовала себя свободно среди интеллектуалов. В марте 1802 года Каролина отправилась к мужу в Берлин выяснять отношения. Они решили окончательно разойтись. 17 мая 1803 года брак был наконец расторгнут.
Теперь ничто не держало Шеллинга в Иене. Побывав в Веймаре и простившись с Гёте и Шиллером, Фридрих и Каролина уехали в маленький швабский городок Мурхардт к его родителям. 26 июня Шеллинг и Каролина поженились. Получив назначение в Вюрцбург, Шеллинг на долгие годы обосновался в Баварии.
Его учение о природе развилось в эпоху естественнонаучных открытий Вольты, Гальвани, Кулона, Лавуазье, что и нашло свое выражение в таких сочинениях философа, как "Первый набросок системы натурфилософии для лекций" (1799), "Введение к наброску системы натурфилософии, или о понятии спекулятивной физики и о внутренней организации системы этой науки" (1799), "Общая дедукция динамического процесса" (1800). На формирование натурфилософских взглядов Шеллинга оказали непосредственное влияние исследования И. Риттера, К. Кильмейера, К. Эшенмайера.
Учение Шеллинга возвестило о наступлении новой эпохи. Ибо хотя любовь немецких романтиков к природе и была велика, но они любили ее как бы заочно, в мечте. Неудивительно поэтому, что прямая ориентация: "лицом к природе!" - завоевала многочисленных сторонников и восторженных последователей.
Шеллинговская концепция быстро завоевывала признание и в кругах ученых. В лице крупного исследователя в области минералогии норвежца Генриха Стеффенса Шеллинг обрел в 1798 году первого значительного союзника из среды естествоиспытателей. Найдя в философии
Лекции Шеллинга стали сенсацией. В 1800 году появляется работа Шеллинга "Система трансцендентального идеализма". В январе 1801 года вышел очередной номер "Журнала умозрительной физики" со статьей Шеллинга "Об истинном понятии натурфилософии". "Как будто идешь в сумерках по знакомой дороге, ориентируешься безошибочно, хотя окружающих предметов не видно", - отозвался Гёте об этой статье.
Гегель, исчезнувший из поля зрения Шеллинга однокашник, вновь дал о себе знать осенью 1800 года. Шеллинг принял живое участие в судьбе университетского друга. Помог переехать в Иену, поселил у себя. Гегель прошел габилитацию (первым оппонентом на диспуте был Шеллинг) и в качестве приват-доцента начал читать курс.
После смерти друга своей молодости Гегеля (1831), Шеллинг не упустил случая ввязаться в спор об истинном авторстве стародавней статьи "Об отношении философии природы к философии вообще", напечатанной без подписи в "Критическом журнале философии" (1802), заявив, что статья написана им, Гегелю же не принадлежит в ней "ни буквы".
Изменение отношения к Гегелю очень показательно для философской эволюции Шеллинга. Получив от Гегеля экземпляр только что напечатанного первого крупного его произведения "Феноменология духа", Шеллинг 2 ноября 1807 года посылает в ответ текст своей знаменитой речи об отношении изобразительных искусств к природе. После этого переписка старых университетских товарищей навсегда обрывается и их дружеские связи прекращаются.
С 1806 года Шеллинг живет в Мюнхене, где становится членом Академии наук и секретарем Академии изящных искусств.
Осенью 1807 года умирает его жена - Каролина. После ее смерти его продолжали посещать идеи, но он уже ничего не писал и не печатался.
После ухода из жизни Каролины Шеллинг уверовал в бессмертие и при этом сохранил свою оппозицию идеализму. Помимо литературной работы, помимо чтений, он находит успокоение в переписке с Паулиной Готтер, дочерью близкой подруги Каролины. Она называла его жену второй матерью.
Довольно долго они переписывались, прежде чем Шеллинг назначает ей свидание. Девушка производит на него приятное впечатление. 11 июня 1812 года она выходит за него замуж.
В мае 1827 года его назначают генеральным хранителем научных коллекций. В августе - президентом Академии наук.
Между первоначальными идеями Шеллинга и гегелевской системой явно прослеживается преемственность и настоящий прогресс, тогда как позднейшее учение Шеллинга означает скорее расхождение его с прежними своими убеждениями и с гегелевскими взглядами. "Позитивная философия", разрабатывавшаяся приблизительно с 1815 года, была изложена Шеллингом в 90 лекциях, представлявших собой содержание позднейшего учения, которого он придерживался до конца своих дней. Решающим испытанием этих новых взглядов стало чтение им лекций в 1841-1842 годах в Берлинском университете, куда он был приглашен королем, чтобы "разделаться" с учением покойного уже Гегеля и с беспокойными его учениками.
В феврале 1853 года Шеллинга мучают старческие недомогания, силы катастрофически убывают. Он решает подвести итог, составить духовное, философское завещание. Это перечень рукописей и распоряжения относительно их судьбы.
Он обрел вечный покой 20 августа 1854 года в швейцарском курортном городке Рагац. Там его похоронили. Там стоит ему памятник с надписью: "Первому мыслителю Германии".
Памятник Шеллингу поставил баварский король Максимилиан, посмертное собрание сочинений издал сын Шеллинга Фридрих, оба близкие ему как человеку. Как философ он пережил свою славу и не оставил наследников.