На этом человеке долгое время лежало клеймо мятежника, бросившего своего капитана на произвол судьбы. Сам Торрес оправдывался, говоря, что, напротив, это он оказался брошенным своим капитаном. По его словам, флагманское судно Капитана ночью ушло, ...не дав нам знать и без всяких сигналов... И хотя мы отправились на поиски и сделали все возможное, но найти ее не смогли. Ибо они (Кирос и его люди) пошли не по своему курсу и не с добрыми намерениями . Все эти версии чрезвычайно сомнительны. Из судовых журналов Капитаны явствует, что это судно вышло из бухты только после того, как исчезли два других судна, и что Кирос несколько дней искал у входа в бухту Альмиранту и Трех волхвов . Однако установить сейчас, кто кого бросил и кто кого не искал, совершенно невозможно. Факт тот, что после безнадежных поисков Кирос принял решение идти в Акапулько, чтобы доставить испанским властям вести об открытии Южного материка. 23 декабря 1606 года он привел Капитану в Акапулько. По версии Торреса и Прадо-и-Товара, после ухода Капитаны Альмиранта и Три волхва простояли в бухте Сантьяго-и-Сан-Фелипе пятнадцать дней. Затем Торрес распечатал пакет, в котором содержалась инструкция вице-короля на случай гибели Кироса. Инструкция предписывала Прадо-и-Товару, как старшему в чине, принять команду над флотилией и следовать в поисках новых земель до 20° южной широты, а в случае, если ничего не будет обнаружено, идти в Манилу. Торрес (он остался фактически командиром экспедиции), несмотря на противодействие экипажей, которые желали немедленно следовать в Манилу, пошел на юго-запад. На 20° южной широты и примерно на 160° восточной долготы он повернул на северо-запад и направился к Новой Гвинее. 20 июля 1606 года корабли Торреса достигли юго-восточной оконечности Новой Гвинеи. Вопреки всем традициям Торрес проследовал дальше вдоль ее южных, а не северных берегов. Он шел в водах Кораллового моря, усеянного мелями и рифами, обходя бесчисленные мелкие островки и преодолевая встречные ветры и течения. За первые сорок дней он прошел к заливу Папуа, оставив позади длинный хвост Новой Гвинеи. В начале сентября, находясь в излучине залива Папуа, Торрес убедился, что дальше идти вдоль новогвинейского берега нельзя из-за мелей и встречных прибрежных течений. Находясь на 7°30'' южной широты, примерно против устья реки Кикори, Торрес повернул на юго-запад и повел корабли в отк
Эта цепь рифов тянется через всю северную часть Торресова пролива. Торрес шел к востоку от нее, стремясь обойти рифы и выйти на чистую воду . В канун Дня святого Франциска, 3 октября 1606 года, на 11° южной широты Торрес открыл ...очень большие острова, и к югу от них показались новые . Прадо-и-Товар добавляет, что среди этих островов был один гораздо больший всех прочих .Сами того не подозревая, Торрес и Прадо-и-Товар совершили открытие огромной важности: остров Принца Уэльского, лежащий у берега полуострова Кейп-Йорк самой северной оконечности Австралии. Очень возможно, что наибольший остров, обнаруженный 3 октября, был вовсе не островом, а северо-восточным берегом полуострова Кейп-Йорк. Пройдя проливом Эндевор, между островом Принца Уэльского и полуостровом Кейп-Йорк, Торрес повернул на северо-запад и снова вышел к новогвинейским берегам. Точнее, к берегу острова Фредерик-Хендрик, юго-восточную оконечность которого корабли обогнули, видимо, в конце октября. От острова Фредерик-Хендрик Торрес прошел к полуострову Бомбараи, подбородку новогвинейской птичьей головы , и затем, обойдя эту птичью голову , через Молукки направился к Маниле, куда прибыл весной 1607 года. Из Манилы в июле того же года Торрес и Прадо-и-Товар отправили в Испанию отчеты о своем плавании и несколько карт новооткрытых земель. Трудно сказать, открыл ли Торрес Австралию, но, что совершенно несомненно, он был первым европейцем, прошедшим через пролив, отделяющий пятый материк от Новой Гвинеи и справедливо названный впоследствии его именем. Торрес установил, что Новая Гвинея не часть Южного материка, и огромный остров, омываемый морем, в котором рассеяно множество островов. Удивительнее всего, что об этом выдающемся открытии мир узнал лишь спустя сто шестьдесят лет. Отчеты Торреса и Прадо-и-Товара так надежно были упрятаны в тайные испанские архивы, что пролив между Австралией и Новой Гвинеей был потерян на долгие времена. Если к Торресу слава и признание пришли спустя сто шестьдесят лет после его открытия, то несуществующий Южный материк Кироса еще при жизни этого мученика ложной идеи был признан географической реальностью и сам Кирос стал кумиром всех географов и картографов XVII и первой половины XVIII века.