«Сообразно с законом, Цинциннату Ц. объявили смертный приговор шепотом». Непростительная вина Цинцинната — в его «непроницаемости», «непрозрачности» для остальных, до ужаса похожих (тюремщик Родион то и дело превращается в директора тюрьмы, Родрига Ивановича, и наоборот; адвокат и прокурор по закону должны быть единоутробными братьями, если же не удается подобрать — их гримируют, чтобы были похожи), «прозрачных друг для дружки душ». Особенность эта присуща Цинциннату с детства (унаследована от отца, как сообщает ему пришедшая с визитом в тюрьму мать, Цецилия Ц., щупленькая, любопытная, в клеенчатом ватерпруфе и с акушерским саквояжем), но какое-то время ему удается скрывать свое отличие от остальных. Цинциннат начинает работать, а по вечерам упивается старинными книгами, пристрастясь к мифическому XIX в. Да ещё занимается он изготовлением мягких кукол для школьниц: «тут был и маленький волосатый Пушкин в бекеше, и похожий на крысу Гоголь в цветистом жилете, и старичок Толстой, толстоносенький, в зипуне, и множество других». Здесь же, в мастерской, Цинциннат знакомится с Марфинькой, на которой женится, когда ему исполняется двадцать два года и его переводят в детский сад учителем. В первый же год брака Марфинька начинает изменять ему. У нее родятся дети, мальчик и девочка, не от Цинцинната. Мальчик хром и зол, тучная девочка почти слепа. По иронии судьбы, оба ребенка попадают на попечение Цинцинната (в саду ему доверены «хроменькие, горбатенькие, косенькие» дети). Цинциннат перестает следить за собой, и его «непрозрачность» становится заметна окружающим. Так он оказывается в заключении, в крепости.
Услышав приговор, Цинциннат пытается узнать, когда назначена казнь, но тюремщики не говорят ему. Цинцинната выводят взглянуть на город с башни крепости. Двенадцатилетняя Эммочка, дочь директора тюрьмы, вдруг кажется Цинциннату воплощенным обещанием побега… УЗНИК коротает время за просмотром журналов. Делает записи, пытаясь осмыслить собственную жизнь, свою индивидуальность: «Я не простой… я тот, который жив среди вас… Не только мои глаза другие, и слух, и вкус, — не только обоняние, как у оленя, а осязание, как у нетопыря, — но главное: дар сочетать все это в одной точке…»
В крепости появляется ещё один заключенный, безбородый толстячок лет тридцати. Аккуратная арестантская пижамка, сафьяновые туфли, светлые, на прямой пробор волосы, между малиновых губ белеют чудные, ровные зубы.
Обещанное Цинциннату свидание с Марфинькой откладывается (по закону, свидание дозволяется лишь по истечении недели после суда). Директор тюрьмы торжественным образом (на столе скатерть и ваза со щекастыми пионами) знакомит Цинцинната с соседом — м-сье Пьером. Навестивший Цинцинната в камере м-сье Пьер пробует развлечь его любительскими фотографиями, на большинстве которых изображен он сам, карточными фокусами, анекдотами. Но Цинциннат, к обиде и недовольству Родрига Ивановича, замкнут и неприветлив.
На следующий день на свидание к нему является не только Марфинька, но и все её семейство (отец, братья-близнецы, дед с бабкой — «такие старые, что уже просвечивали», дети) и, наконец, молодой человек с безупречным профилем — теперешний кавалер Марфиньки. Прибывает также мебель, домашняя утварь, отдельные части стен. Цинциннату не удается сказать ни слова наедине с Марфинькой. Тесть не перестает упрекать его, шурин уговаривает покаяться («Подумай, как это неприятно, когда башку рубят»), молодой человек упрашивает Марфиньку накинуть шаль. Затем, собрав вещи (мебель выносят носильщики), все уходят.
В ожидании казни Цинциннат ещё острее чувствует свою непохожесть на всех остальных. В этом мире, где «вещество устало: сладко дремало время», в мнимом мире, недоумевая, блуждает лишь незначительная доля Цинцинната, а главная его часть находится совсем в другом месте. Но и так настоящая его жизнь «слишком сквозит», вызывая неприятие и протест окружающих. Цинциннат возвращается к прерванному чтению. Знаменитый роман, который он читает, носит латинское название «Quercus» («Дуб») и представляет собою биографию дерева. Автор повествует о тех исторических события
Измученный ожиданием приезда палача, ожиданием казни, Цинциннат засыпает. Вдруг его будит постукивание, какие-то скребущие звуки, отчетливо слышные в ночной тишине. Судя по звукам, это подкоп. До самого утра Цинциннат прислушивается к ним.
По ночам звуки возобновляются, а день за днем к Цинциннату является м-сье Пьер с пошлыми разговорами. Желтая стена дает трещину, разверзается с грохотом, и из черной дыры, давясь смехом, вылезают м-сье Пьер и Родриг Иванович. М-сье Пьер приглашает Цинцинната посетить его, и тот, не видя иной возможности, ползет по проходу впереди м-сье Пьера в его камеру. М-сье Пьер выражает радость по поводу своей завязавшейся дружбы с Цинциннатом — такова была его первая задача. Затем м-сье Пьер отпирает ключиком стоящий в углу большой футляр, в котором оказывается широкий топор.
Цинциннат лезет по вырытому проходу обратно, но вдруг оказывается в пещере, а затем через трещину в скале выбирается на волю. Он видит дымчатый, синий город с окнами, как раскаленные угольки, и торопится вниз. Из-за выступа стены появляется Эммочка и ведет его за собой. Сквозь небольшую дверь в стене они попадают в темноватый коридор и оказываются в директорской квартире, где в столовой за овальным столом пьют чай семейство Родрига Ивановича и м-сье Пьер.
Как принято, накануне казни м-сье Пьер и Цинциннат являются с визитом ко всем главным чиновникам. В честь них устроен пышный обед, в саду пылает иллюминация: вензель «П» и «Ц» (не совсем, однако, вышедший). М-сье Пьер, по обыкновению, в центре внимания, Цинциннат же молчалив и рассеян.
Утром к Цинциннату приходит Марфинька, жалуясь, что трудно было добиться разрешения («Пришлось, конечно, пойти на маленькую уступку, — одним словом, обычная история»). Марфинька рассказывает о свидании с матерью Цинцинната, о том, что к ней самой сватается сосед, бесхитростно предлагает Цинциннату себя («Оставь. Что за вздор», — говорит Цинциннат). Марфиньку манит просунутый в приоткрывшуюся дверь палец, она исчезает на три четверти часа, а Цинциннат во время её отсутствия думает, что не только не приступил к неотложному, важному разговору с ней, но не может теперь даже выразить это важное. Марфинька, разочарованная свиданием, покидает Цинцинната («Я была готова все тебе дать. Стоило стараться»).
Цинциннат садится писать: «Вот тупик тутошней жизни, — и не в её тесных пределах искать спасения». Появляется м-сье Пьер и двое ею подручных, в которых почти невозможно узнать адвоката и директора тюрьмы. Гнедая кляча тащит облупившуюся коляску с ними вниз, в город. Прослышав о казни, начинает собираться публика. На площади возвышается червленый помост эшафота. Цинциннату, чтобы до него никто не дотрагивался, приходится почти бежать к помосту. Пока идут приготовления, он глядит по сторонам: что-то случилось с освещением, — с солнцем неблагополучно, и часть неба трясется. Один за другим падают тополя, которыми обсажена площадь.
Цинциннат сам снимает рубашку и ложится на плаху. Начинает считать: «один Цинциннат считал, а другой Цинциннат уже перестал слушать удалявшийся звон ненужного счета, привстал и осмотрелся». Палач ещё не совсем остановился, но сквозь его торс просвечивают перила. Зрители совсем прозрачны.
Цинциннат медленно спускается и идет по зыбкому сору. За его спиной рушится помост. Во много раз уменьшившийся Родриг безуспешно пытается остановить Цинцинната. Женщина в черной шали несет на руках маленького палача. Все расползается и падает, и Цинциннат идет среди пыли и упавших вещей в ту сторону, где, судя по голосам, стоят люди, подобные ему.