Употребление микроскопа для рассмотрения тончайшего строения анатомических частей впервые встречаем при изложении анатомии на медицинском факультете Московского университета в конце XVIII века (1791 - 92).
Хотя долгое время не появляется самостоятельных гистологических исследований, но все же, в особенности с усовершенствованием микроскопов, гистология получает все более и более широкое значение в преподавании. Так, уже с 20-х годов настоящего столетия, знаменитый Бер (профессор медико-хирургической академии) с успехом поучал своих слушателей, из чего состоит тело человека и животных и показывал под микроскопом то, что называли "ячейками", а впоследствии "клеточками", "клетками", "тельцами". Старинные представления о "шариках" и "пузырьках" начали получать более точную и подробную формулу. С 1840-х годов начинают появляться самостоятельные исследования русских ученых, а именно Заблоцкого, Велланского и Кленке.
Дальнейшие усовершенствования микроскопов возбудили еще больший интерес к гистологическим работам. Для поощрения к таким занятиям Александр II , в бытность свою наследником русского престола, заказал лучший микроскоп венскому мастеру Плесселю для кабинета описательной анатомии Медико-Хирургической академии.
Гистология, как предмет преподавания, была соединена то с нормальной анатомией, то со сравнительной. Впервые она выделяется в отдельную кафедру со специальным преподавателем во главе - с 1860 года, в Медико-Хирургической академии, когда на научной арене появляется Н.М. Якубович , обративший на себя всеобщее внимание как в Европе, так и в России своими гистологическими исследованиями в области нервной системы. Его работами интересовалась Парижская академия и выдающиеся физиологи и гистологи в Европе: Клод Бернар, Миллер, Гельмгольц и другие. Император Николай I принимал участие в издании трудов Якубовича, ассигнуя на это из собственных средств значительные суммы. Одноврем
Пользуясь им, Догель произвел многочисленные исследования над окончаниями периферических нервов в различных органах, а равно над строением симпатической и церебро-спинальной нервной системы. Способ этот имеет в настоящее время огромное распространение в России и за границей. М.Д. Лавдовский многие из существующих в науке способов усовершенствовал и применял для своих обширных разносторонних гистологических исследований. Ф.Н. Заварыкину принадлежат работы по гистологии почек, отличающиеся безукоризненностью в техническом отношении. Стрельцов представил важные работы, касающиеся развития костной ткани; Огнев - несколько данных относительно гистологического развития сетчатки. Психо-физиологические лаборатории И.П. Мержеевского и В.М. Бехтерева доставили очень много ценных данных к микроскопической анатомии центральной нервной системы. Наконец, следует упомянуть о работах Эрлицкого, Данилло , Розенбаха и других.