Методика: использован метод гибридизации на олигонуклеотидном биочипе

Отчет 51 с., 15 рис., 10 табл, 31 источник

Ключевые слова:
генетический полиморфизм, биочипы, фармакогенетика, артериальная гипертензия, мутация, медицинская генетика.

Цель работы

: разработка и апробация тест-систем на основе биочипов для изучения генетической предрасположенности к развитию наиболее частых мультифакториальных заболеваний (онкологических и сердечно-сосудистых).

Объект исследования:

образцы ДНК базы данных Лаборатории пренатальной диагностики ГУ НИИ АГ им.Д.О.Отта РАМН.

Методика:

использован метод гибридизации на олигонуклеотидном биочипе

Результаты работы:

в настоящее время созданы биочипы для диагностики генетической предрасположенности к онкологическим и сердечно-сосудистым заболеваниям. Биочипы для диагностики генетической предрасположенности к онкологическим заболеваниям является диагностической тест-системой, позволяющей выявлять как генетическую предрасположенность к мультифакториальным заболеваниям (в подавляющем большинстве, онкологическим), так и определять индивидуальную чувствительность к фармацевтическим препаратам. Во многом такая особенность биочипа обусловлена особенностями его конструирования и выбором определенных локусов для анализа. Мы руководствовались следующими принципами при выборе полиморфных локусов: в исследование вошли гены, преимущественно участвующие, как в регулировании метаболизма лекарств, так и в определении генетической предрасположенности к различным мультифакториальным заболеваниям. В этих генах выбирали функционально значимые аллели, встречающиеся с наибольшей частотой. Включали только те гены, полиморфизм которых характерен и уже предварительно изучен в российской популяции. Микрочип устроен по блочному принципу. Каждый блок предназначен для детекции мутаций в группе генов, предрасполагающих к тому или иному заболеванию или имеющих близкие функции. Поэтому, в зависимости от задачи, исследователь может комбинировать блоками при конструировании диагностического биочипа для анализа конкретного заболевания, а также менять число блоков и состав генов внутри блока. Такая особенность осуществима, благодаря универсальности подхода при подборе праймеров и выборе условий проведения мультиплексных ПЦР. В блок №1 входят гены CYP1A1
и CYP2D6
. В гене CYP1A1
с помощью чипа можно анализировать мутации С4887А, A4889G и T6235C. Детекция данных мутаций позволяет выявить 4-аллеля этого гена: “дикий тип”, “2A”, “2B” и “4”
. В гене CYP2D6
можно выявлять мутации G1934A и DelA2637. Их определение позволяет сделать вывод о наличии у индивидуума аллелей “*4” и “*3”. В блок №2 входят гены GSTT1
и GSTM1
. Внутри этих генов с помощью чипа можно анализировать протяженные делеции. Детекция данных мутаций позволяет выявлять так называемые “нулевые” аллели этого гена (гомозигот по делеции), а также определять образцы, в которых есть хотя бы одна копия гена (гетерозиготы по делеции и гомозиготы “дикиго типа. В блок №3 входят гены NAT2
и MTHFR
. В гене NAT2
с помощью чипа можно анализировать мутации 481C>T, 590G>A и 857G>A. Детекция данных мутаций позволяет выявить 4-аллеля этого гена: “дикий тип”, “ S1”, “ S2” и “ S3”. В гене MTHFR
можно анализировать мутацию С677Т. В блок №4 входят гены CYP2C9